Zavodom upravlja Upravno vijeće.
Upravno vijeće broji devet članova koji se imenuju iz redova zdravstvenih djelatnika iz zdravstvenih ustanova i privatne prakse, redova osiguranika i poslodavaca. Članove Upravnog vijeća imenuje i razrješava Vlada Županije zapadnohercegovačke na prijedlog ministra zdravstva, rada i socijalne skrbi.
Sadašnji članovi Upravnog vijeća su:
Velimir Markota
Zlatko Ramljak
Branimir Skoko
Mirjana Džajić
Mirela Luburić
Zoran Slišković
Anđelko Mikulić
Ante Bogut
Vjekoslav Filipović
Upravno vijeće donosi Statut, Poslovnik o radu Upravnog vijeća te druge opće akte Zavoda. Donosi i program rada i razvoja Zavoda, financijski plan i završni račun, kao i plan i program mjera zaštite na radu. Nadalje, Upravno vijeće odlučuje o promjeni i proširenju djelatnosti te donosi odluke u drugom stupnju u svezi s predmetima u kojima se razmatra o pojedinim pravima uposlenika.
Upravno odlučuje i o:
– nabavci i prodaji osnovnih sredstava
– o investicijskim ulaganjima u prostorne kapacitete
– korištenju zajmova i kredita za investicijska ulaganja
– izvješćima ravnatelja o poslovanju
– raspodjeli dobiti za obavljanje i razvoj djelatnosti
– drugim pitanjima predviđenim općim aktima
– sklapanju ugovora i sporazuma o stjecanju, raspolaganju i otuđivanju nekretnina.
Upravno vijeće predlaže ravnatelju rješenja pojedinih pitanja značajnih za organizaciju i poslovanje Zavoda; imenuje i razrješava komisije i druga tijela predviđena općim aktima. Nadzire također i izvršenje programa rada i razvoja Zavoda te izvršenje plana i programa mjera zaštite na radu.
Upravno vijeće obavlja i druge poslove utvrđene zakonom, Statutom Zavoda i općim aktima.